Texture – un editor de manuscritos abierto [Publicado originalmente en eLife en Julio/2017]

Por Michael Aufreiter, Co fundador y desarrollador, Substance

Substance invita a la comunidad a usar y contribuir a un nuevo editor de texto XML-primero

Texture es un software de edición de código abierto diseñado específicamente para editar y anotar contenido científico. Texture tiene soporte de primera clase para JATS (Journal Article Tag Suite), el estándar de facto para el archivo e intercambio de contenidos científicos de acceso abierto con XML.

En este post voy a explicar la motivación y misión detrás de Texture. Voy a cubrir el estado actual de desarrollo, y una perspectiva de lo que estaremos trabajando a continuación y cómo usted puede participar.

Publicar un artículo científico lleva demasiado tiempo y cuesta demasiado

Hoy en día los autores pueden elegir escribir su manuscrito en un procesador de texto tradicional (como Microsoft Word) o usar un lenguaje de marcas compilado (como LaTeX). El primero es fácil de usar pero sólo ofrece contenido no estructurado preparado para imprimir, el segundo proporciona más estructura pero requiere al usuario trabajar con un editor de texto sin formato y aprender un lenguaje de marcado. En cualquier caso, los editores deben convertir el formato de envío en JATS-XML, antes de que pueda ser publicado y archivado. Este paso requiere una cantidad significativa de trabajo manual, por lo general realizado por empresas tipográficas y usando herramientas comerciales propietarias. Debido a esto, no sólo los trabajos llevan a menudo muchos meses desde la presentación a la publicación, el proceso también es extremadamente caro. Esperamos que las herramientas abiertas que simplifican el flujo de trabajo de publicación permitirán a los editores concentrarse en ofrecer un servicio de revisión de alta calidad a la comunidad de investigadores.

Nuestra gran visión para Texture es proporcionar una herramienta gratuita de alta calidad para que los autores escriban artículos que puedan ser o bien autopublicados (para compartir rápidamente los resultados) o enviados a un editor como un archivo estructurado JATS-SML, permitiendo un proceso de producción más rápido y eficiente en costo. Además, en el futuro queremos proporcionar una interfaz de edición extendida que también permita crear documentos ejecutables y completamente reproducibles.

Eliminando la composición tipográfica

Antes de poner Texture en manos de los autores, estamos trabajando para eliminar la necesidad de la tipografía manual de los editores. Texture permite a los usuarios convertir el contenido en bruto en contenido estructurado, y agregar información semántica para satisfacer los requisitos del editor. El objetivo principal de Texture es eliminar el requisito sobre experiencia en XML para proporcionar una solución para que los editores envíen a producción los artículos aceptados de manera más eficiente.

Texture lee y produce archivos JATS válidos. Esto permite que el editor trabaje de manera más transparente en los flujos de trabajos de publicación existentes. Por ejemplo, Texture puede tomar la salida de un convertidor de Word a JATS y mejorar el contenido hasta que está listo para ser publicado, integrándose en las cadenas de trabajo actuales. Texture produce JATS-XML normalizado de acuerdo a las reglas estrictas y prácticas recomendadas para el marcado. Por ejemplo Texture puede abrir un rango amplio de variantes (ejemplo: las directrices de etiquetado de SciELO) pero producir una etiquetado más estricto y consistente (JATS4R). Con este enfoque, los usuarios de Texture pueden ordenar sus documentos, logrando un marcado extremadamente consistente, lo que sería difícil de lograr en un escenario de composición manual.

Con Texture, proponemos un proceso de refinación iterativo. A partir de la mejor salida disponible de un proceso de conversión automatizado, se toman diferentes pasos para convertir el artículo en un artículo estructurado, semánticamente etiquetado, aumentado con metadatos.

Estado de desarrollo

El desarrollo inicial de Texture comenzó en 2014 como parte del proyecto Substance. Un primer prototipo funcional de editor científico fue liberado en 2014 como Lens Writer. En junio de 2016 fue liberado Texture Alpha (financiado por PKP – Public Knowledge Project), agregando una conversión libre de JATS. En octubre de 2016 fue publicado Texture Alpha 2 (financiado por Érudit), que proporcionó un prototipo estabilizado.

Hoy estamos estamos lanzando Texture Alpha 3, un paso importante hacia una solución completa para editar artículos JATS. Quisiéramos agradecer a SciELO y PKP por el financiamiento de esta última ronda de desarrollo. La nueva versión es ahora capaz de editar citas estructuradas, autores, afiliaciones así como otros metadatos específicos de la revista.

Interfaz de usuario de Texture mostrando el editor de manuscrito (izquierda) y editor de referencia (derecha).

También implementamos la numeración automática de etiquetas para referencias y figuras. Además, existe un nuevo y potente cuadro de diálogo “Buscar y reemplazar” y una mejor ‘copiar y pegar’ entre aplicaciones (por ejemplo, desde y hacia Microsoft Word y Google Docs).

Pruebe nuestra demostración en línea de Texture y descubra más sobre cómo funciona Texture. Para obtener una descripción detallada del estado del desarrollo, por favor consulte el archivo README del proyecto en Github.

¿Por qué elegir Texture?

Hay una cantidad de editores científicos disponibles. Algunos de ellos están basados en el web (FidusWriter, Overleaf, Authorea), pero también hay aplicaciones de escritorio nativas (Manuscripts.app). Texture es diferente a las otras soluciones porque está basada sobre JATS, un estándar de facto ya establecido. Estamos dedicados a apoyar JATS a largo plazo y ayudar a mejorar el estándar contribuyendo a la comunidad JATS4R.

También queremos invitar a otros desarrolladores de editores a considerar la construcción sobre nuestra tecnología de fuente abierta. Trabajemos juntos en una base confiable y compatible con los estándares para sistemas de publicación basados en la web, en vez de competir por la mejor herramienta que lo resuelva todo. ¿Qué pasaría si todos los campos científicos pudieran acordar en un formato común de intercambio para artículos publicados? Entonces podríamos comenzar a crear herramientas especializadas específicas del dominio mientras que seguirían siendo completamente interoperables. Podríamos incluso fomentar el intercambio interdisciplinario de conocimiento, datos y métodos, lo cual no es posible en este momento.

Sesión de diseño colaborativo de Texture en la Reunión del Substance Consortium (julio 26 y 27, 2016 en Montreal)

Un vistazo al futuro de Texture

Nuestro siguiente paso es realizar pruebas de usuarios con los editores. SciELO, PKP y Érudit comenzarán con esto durante el verano. Junto con ellos, vamos a recolectar los problemas y las características que faltan y trabajar en un mapa de ruta para convertir Texture en un producto viable y ayudar a los adoptadores a establecer los detalles específicos de su revista. Esperamos que Texture sea estable y listo para producción dentro de los próximos 12 meses.

Mientras que a corto plazo Texture se enfocará en los casos de uso de los editores, estaremos explorando casos futuros de uso para Texture como una interfaz de creación. Por ejemplo, la revisión por pares podría hacerse enteramente en Texture, incluyendo la comunicación entre pares (revisores, autores, editores) que actualmente está fragmentada sobre diferentes canales tales como correo electrónico o mensajería. El objetivo final es usar Texture como un componente integral en los sistemas modernos y personalizados de edición punto a punto, donde los documentos se encuentran en el centro (fuente única) y es editado por todas las partes involucradas (autor, editor, revisor) de manera colaborativa.

Queremos ir más lejos y añadir elementos reproducibles a los documentos JATS. Estamos trabajando junto con Stencila para extender Texture para permitir que la narrativa textual y el código ejecutable coexistan en un solo documento.

Junto con otros proyectos queremos establecer un conjunto completo de herramientas de código abierto para cubrir todas las etapas de la publicación científica. Por ejemplo un documento reproducible podría estar escrito en Stencila y enviado a un editor como archivo JATS-XML. A continuación estará disponible para su lectura en el sitio web del editor, pero también podría consumirse en herramientas modernas de lectura tales como eLife Lens o ScienceFair.

Hacia una directiva universal de etiquetado para JATS

Nos damos cuenta de que un cambio en la publicación científica requiere un amplio consenso. Con el desarrollo de Texture estamos invitando a organizaciones interesadas en usar Texture a participar en la definición de una guía estricta para etiquetar contenido con JATS. Todavía no hay un consenso sobre el esquema JATS a utilizar: hay diversas variantes en uso por diferentes revistas. Esto significa que algunos elementos pueden ser etiquetados de manera diferente. Por ejemplo, hay muchas maneras de etiquetar una afiliación. Si se pudiera llegar a un consenso sobre un solo esquema, el contenido sería interoperable, fácil de consultar, y en Texture podríamos tener una sola vía de implementación e interfaz de usuario (por ejemplo para editar una afiliación).

En junio tuvimos una reunión muy agradable y productiva en eLife con miembros de la comunidad JATS4R. Melissa Harrison de eLife, Paul Donohoe de Springer Nature, Mike Eden de Cambridge University Press y Sean Harrop de BMJ estaban en la mesa. Estuvimos de acuerdo en que las comunidades Texture y JATS4R trabajarán juntas para proporcionar una guía universal y expresiva para JATS que será promovida como JATS4R. Como consecuencia Texture proporcionará el soporte completo para todo contenido conforme a JATS4R.

Para participar en el desarrollo de este consenso, comuníquese con nosotros en info@substance.io.

Ayúdenos a hacer Texture el editor que necesita

Texture es desarrollado por Substance Consortium, que fue establecido por el Public Knowledge Project (PKP), el Collaborative Knowledge Foundation (CoKo), la Scientific Electronic Library Online (SciELO), Érudit, y Substance. En julio de 2017, eLife se unió al consorcio para apoyar el desarrollo colaborativo de nuevas herramientas para ayudar a los editores de acceso abierto.

El desarrollo de Texture será priorizado para satisfacer las necesidades de los miembros del consorcio y de la más amplia comunidad de editores académicos, con claras vías para el aporte y la discusión de la comunidad.

Si está interesado en usar Texture y apoyar nuestro trabajo, lo invitamos a unirse a nosotros. Cuanto más grande sea nuestra comunidad, más rápido seremos capaces de lograr nuestro objetivo de hacer la publicación científica más eficiente, transparente y abierta.

Puede enviarnos un correo electrónico directamente a info@substance.io. Damos la bienvenida a los comentarios a través de nuestra lista de correo. Por favor únase a esta lista para estar informado de las actividades del consorcio.

El código fuente de Texture está licenciado bajo la licencia MIT y disponible en http://github.com/substance/texture.

Para obtener lo último en innovación, eLife Labs y las nuevas herramienbtos de código abierto, inscríbase en nuestro boletín de innovación y tecnología. También puede seguirnos en @eLifeInnovation on Twitter.

Referencias

AUFREITER, M. Produce a scientific paper with Lens Writer [online]. Substance. 2015 [viewed 25 July 2017]. Available from: http://medium.com/@_mql/produce-a-scientific-paper-with-lens-writer-d0fc75d11919

eLife joins Substance Consortium to support development of open-source online content-editing tools [online]. eLife. 2017 [viewed 25 July 2017]. Available from: http://elifesciences.org/for-the-press/f87f62a7/elife-joins-substance-consortium-to-support-development-of-open-source-online-content-editing-tools

Innovation: Collaborating to devise the future executable article [online]. eLife. 2017 [viewed 25 July 2017]. Available from: http://elifesciences.org/inside-elife/c8ca56de/innovation-collaborating-to-devise-the-future-executable-article

Introducing Texture: An Open Source WYSIWYG Javascript Editor for JATS [online]. National Center for Biotechnology Information (NCBI) [viewed 25 July 2017]. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK425544/

Seeing through the eLife Lens: A new way to view research [online]. eLife. 2017 [viewed 25 July 2017]. Available from: http://elifesciences.org/inside-elife/0414db99/seeing-through-the-elife-lens-a-new-way-to-view-research

Enlaces externos

Demostración en línea del Texture – <http://cdn.substance.io/texture-alpha-3/>

JATS4R – <http://jats4r.org/>

Journal Article Tag Suite (JATS) – <http://jats.nlm.nih.gov/>

Projeto Substance – <http://substance.io/>

Public Knowledge Project – <http://pkp.sfu.ca/>

README del projeto – <http://github.com/substance/texture#roadmap>

SciELO – <http://www.scielo.org/php/index.php>

ScienceFair – <http://sciencefair-app.com/>

Stencila – <http://stenci.la/>

Texture – <http://substance.io/texture>

Texture Alpha – <http://github.com/substance/texture/releases/tag/v1.0.0-alpha>

Texture Alpha 2 – <http://github.com/substance/texture/releases/tag/v1.0.0-alpha.2>

Texture Alpha 3 – <http://substance.io/texture>

Artículo original en inglés

http://elifesciences.org/labs/8de87c33/texture-an-open-science-manuscript-editor

Traducido del original en inglés por Ernesto Spinak.