{"id":3064,"date":"2018-10-31T15:00:35","date_gmt":"2018-10-31T18:00:35","guid":{"rendered":"http:\/\/blog.scielo.org\/es\/?p=3064"},"modified":"2019-05-02T16:28:37","modified_gmt":"2019-05-02T19:28:37","slug":"introduccion-a-jats-journal-article-tag-suite","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/blog.scielo.org\/es\/2018\/10\/31\/introduccion-a-jats-journal-article-tag-suite\/","title":{"rendered":"Introducci\u00f3n a JATS (Journal Article Tag Suite)"},"content":{"rendered":"<p><strong>Por <\/strong><strong>Debbie Lapeyre<\/strong><\/p>\n<div id=\"attachment_3066\" style=\"width: 310px\" class=\"wp-caption alignright\"><a href=\"http:\/\/blog.scielo.org\/es\/wp-content\/uploads\/sites\/3\/2018\/10\/Jats-logo.png\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" aria-describedby=\"caption-attachment-3066\" class=\"wp-image-3066 size-medium\" src=\"http:\/\/blog.scielo.org\/es\/wp-content\/uploads\/sites\/3\/2018\/10\/Jats-logo-300x104.png\" alt=\"\" width=\"300\" height=\"104\" srcset=\"https:\/\/blog.scielo.org\/es\/wp-content\/uploads\/sites\/3\/2018\/10\/Jats-logo-300x104.png 300w, https:\/\/blog.scielo.org\/es\/wp-content\/uploads\/sites\/3\/2018\/10\/Jats-logo-150x52.png 150w, https:\/\/blog.scielo.org\/es\/wp-content\/uploads\/sites\/3\/2018\/10\/Jats-logo.png 420w\" sizes=\"auto, (max-width: 300px) 100vw, 300px\" \/><\/a><p id=\"caption-attachment-3066\" class=\"wp-caption-text\"><i>Imagen adaptada del original, por <a href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Journal_Article_Tag_Suite#\/media\/File:Jats-logo.jpg\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">Krauss<\/a>.<\/i><\/p><\/div>\n<p>La \u201cJATS\u201d, conocida formalmente como <em>ANSI\/NISO Z39.96-2015 JATS: <\/em><em>Journal Article Tag Suite<\/em>, es un conjunto de <em>tags<\/em> (etiquetas) XML est\u00e1ndar internacional para art\u00edculos de revistas. JATS es un vocabulario XML (similar en su finalidad a otros vocabularios XML basados en documentos, como <em>DocBook<\/em> o TEI), dise\u00f1ada para modelar art\u00edculos de revistas corrientes. JATS es una colecci\u00f3n con nombres de elementos y atributos XML que se pueden usar para marcar la estructura y la sem\u00e1ntica de <em>un art\u00edculo individual de revista<\/em>. Por lo tanto, JATS no modela colecciones de revistas, libros, corpus en un idioma, patentes, legislaci\u00f3n, est\u00e1ndares u otros tipos de documentos. Originalmente, JATS se usaba para art\u00edculos STEM (cient\u00edficos, t\u00e9cnicos, de ingenier\u00eda y m\u00e9dicos), pero ahora las revistas de humanidades, sociolog\u00eda, econom\u00eda y ciencias blandas tambi\u00e9n usan el marcado XML de JATS.<\/p>\n<p>JATS tiene tres modelos separados, destinados a audiencias distintas:<\/p>\n<ul>\n<li>Modelo de Archivo e Intercambio (laxo, para que las bibliotecas y los archivos incorporen XML en sus repositorios);<\/li>\n<li>Modelo de Publicaci\u00f3n de Art\u00edculos de Revistas (m\u00e1s estricto, para la producci\u00f3n de publicaciones, generalmente utilizado por editores, plataformas de almacenamiento y portales); y\/o<\/li>\n<li>Modelo de Creaci\u00f3n de Art\u00edculo (dise\u00f1ado para los autores del art\u00edculo).<\/li>\n<\/ul>\n<h3>Prop\u00f3sito original de la JATS<\/h3>\n<p>La JATS se construy\u00f3 originalmente para intercambiar art\u00edculos de revistas, proporcionando interoperabilidad del contenido del art\u00edculo y los metadatos del art\u00edculo entre editores y archivos. En los primeros tiempos, se esperaba que los editores, <em>hosters<\/em>, portales y archivos usaran su propio conjunto de <em>tags<\/em> XML internamente y se transformaran en JATS XML cuando quisieran para:<\/p>\n<ul>\n<li>Intercambiar informaci\u00f3n entre s\u00ed;<\/li>\n<li>Poner la informaci\u00f3n en un repositorio combinado;<\/li>\n<li>Vender\/mostrar art\u00edculos en la misma plataforma de alojamiento; y\/o<\/li>\n<li>Compartir el desarrollo de herramientas y recursos de uso com\u00fan.<\/li>\n<\/ul>\n<h3>El mundo publica art\u00edculos de revistas en JATS<\/h3>\n<p>Pero desde que JATS surgi\u00f3 en febrero de 2003, muchos editores han encontrado que JATS es \u00fatil para la producci\u00f3n y la Prueba de Control de calidad de art\u00edculos y <em>preprints<\/em>. Si bien JATS todav\u00eda se usa ampliamente para construir grandes repositorios de revistas y para el intercambio de organizaci\u00f3n a organizaci\u00f3n, los editores tambi\u00e9n han estado produciendo su nuevo contenido en JATS. Los editores m\u00e1s grandes siguen utilizando sus propios conjuntos de etiquetas, pero los editores peque\u00f1os y medianos est\u00e1n codificando sus nuevas revistas en JATS y convirtiendo sus archivos de respaldo de PDF o un conjunto de etiquetas propietario en JATS. Los archivos p\u00fablicos, como bibliotecas y portales acad\u00e9micos, encuentran conveniente recibir datos de art\u00edculos de muchas fuentes en un solo formato. Los archivos privados y comerciales pueden requerir JATS para su ingreso, o pueden transformar cualquier formato que reciban en JATS para su sitio web\/repositorio \/aplicaci\u00f3n.<\/p>\n<p>Numerosos proveedores de servicios y alojamiento web requieren o admiten JATS. Las transformaciones p\u00fablicas y gratuitas hacen que <em>Crossref<\/em> deposite archivos desde JATS. Comunidades enteras han acordado en un formato de datos para el contenido de la revista.<\/p>\n<p>JATS est\u00e1 en uso en m\u00e1s de 25 pa\u00edses en todo el mundo, incluyendo: Australia, B\u00e9lgica, Brasil, Bulgaria, Canad\u00e1, Chile, Egipto, Finlandia, Francia, Alemania, Italia, Jap\u00f3n, Noruega, Rusia, Corea del Sur, Suecia, Suiza, Emiratos \u00c1rabes Unidos, el Reino Unido y los Estados Unidos. La mayor\u00eda de las editoriales medianas\/peque\u00f1as en Am\u00e9rica del Norte y Europa utilizan JATS, con muchos pa\u00edses asi\u00e1ticos y pa\u00edses de Am\u00e9rica del Sur producen al menos algunas revistas en JATS. Todos los editores realmente grandes (que usan sus propios modelos de revistas internamente) pueden (y lo hacen) usar JATS para el intercambio y el dep\u00f3sito. Muchos archivos p\u00fablicos y privados aceptan (o requieren) JATS, incluyendo: <em>PubMed Central<\/em> (tanto en los EE. UU. Como en el Reino Unido), la Biblioteca Nacional Brit\u00e1nica, la Biblioteca Nacional de Australia, la Biblioteca del Congreso de los EE. UU., <em>Portico<\/em>\/ITHAKA\/JSTOR, y muchos m\u00e1s.<\/p>\n<p>Los proveedores de servicios de conversi\u00f3n de todo el mundo han desarrollado procesos para y han adquirido una experiencia significativa en la conversi\u00f3n hacia y desde JATS. El uso de un conjunto de <em>tags<\/em> compartidas significa que los proveedores de conversi\u00f3n no necesitan aprender\/personalizar un conjunto de <em>tags<\/em> de revistas para cada editor. Se han desarrollado herramientas para hacer JATS desde muchos formatos, incluyendo <em>Microsoft Word<\/em> y LaTeX, y para hacer PDF, HTML (HTML, XHTML, HTML5) de calidad, varios formatos accesibles y libros electr\u00f3nicos desde JATS.<\/p>\n<h3>Estructura de un art\u00edculo JATS<\/h3>\n<p>Por dise\u00f1o, la JATS modela lo que los editores de revistas ya est\u00e1n haciendo. Cuando se dise\u00f1\u00f3 JATS, se examinaron cientos de revistas en busca de estructuras y metadatos y se examinaron m\u00e1s de 45 modelos de revistas existentes en XML y SGML. Los dise\u00f1adores intentaron por el caso 80\/20; es decir, si el 80% de las revistas marcaron los datos de manera similar, JATS tambi\u00e9n eligi\u00f3 esos elementos, incluso si los dise\u00f1adores de JATS pensaron que podr\u00edan imaginar una mejor manera de etiquetar el material. Para el 20% no cubierto expl\u00edcitamente, las tramas de escape de etiquetado se agregaron a JATS: un elemento contenedor de nombre-valor para los metadatos, un elemento en l\u00ednea de contenido con nombre para capturar el etiquetado-sem\u00e1ntico-espec\u00edfico-del-editor y un elemento de contenido-con-estilo para registrar distinciones no-sem\u00e1nticas-en-l\u00ednea de <em>look-and-feel<\/em>. La intenci\u00f3n de las estructuras sem\u00e1nticas espec\u00edficas del editor (como las declaraciones de disponibilidad de datos) se pueden capturar con atributos de clasificaci\u00f3n de informaci\u00f3n<\/p>\n<p>La JATS trata de no dirigir o coaccionar a los editores, sino de capturar la pr\u00e1ctica habitual de las revistas. JATS conserva el orden real del texto (secuencia de lectura) tanto como sea posible y normalmente no define ni establece &#8220;Mejores pr\u00e1cticas&#8221;.<\/p>\n<p>La idea es que sea lo m\u00e1s sencillo posible para codificar los art\u00edculos de revistas de cualquier persona en JATS. Para hacer esto m\u00e1s f\u00e1cil, JATS es un modelo de documento a la antigua, con metadatos relacionados con el art\u00edculo (y la revista, si corresponde) al principio y en el cuerpo y en la parte posterior del art\u00edculo despu\u00e9s de los metadatos. Este modelo (que se muestra a continuaci\u00f3n en forma de esquema) se ajusta a la producci\u00f3n corriente de la revista.<\/p>\n<ul>\n<li><strong><em>Front Matter<\/em> (&lt;front&gt;)<\/strong>\n<ul>\n<li>Metadatos a nivel de revista (t\u00edtulo de la revista e identificadores);<\/li>\n<li>Metadatos a nivel de art\u00edculo (t\u00edtulo del art\u00edculo, autor(es), identificadores como un DOI).<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><strong><em>Body Matter<\/em><\/strong><strong> (&lt;body&gt;)<br \/>\n<\/strong>El texto narrativo del art\u00edculo, incluyendo, por ejemplo:<\/p>\n<ul>\n<li>P\u00e1rrafos;<\/li>\n<li>Secciones;<\/li>\n<li>Figuras y graficas;<\/li>\n<li>Tablas (tanto XHTML como CALS);<\/li>\n<li>Ecuaciones y citas.<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<li><strong><em>Back Matter<\/em><\/strong><strong> (&lt;back&gt;)<\/strong>\n<ul>\n<li>Ap\u00e9ndices;<\/li>\n<li>Listas de referencias bibliogr\u00e1ficas con informaci\u00f3n detallada (pero completamente opcional), metadatos de citas.<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<h3>Metadatos de b\u00fasqueda, miner\u00eda, extracci\u00f3n<\/h3>\n<p>Adem\u00e1s de marcar la estructura de un art\u00edculo, JATS puede (siempre opcionalmente) proporcionar metadatos ricos necesarios para el intercambio sem\u00e1ntico, la b\u00fasqueda sensible al contexto y la miner\u00eda de datos. Los metadatos extensos que se pueden describir en JATS viajan <em>con<\/em> el art\u00edculo XML, no se guardan en un archivo o base de datos independiente. Por ejemplo, JATS puede incluir muchos identificadores externos procesables por m\u00e1quina, tales como:<\/p>\n<ul>\n<li>Identificadores de componentes de art\u00edculos y art\u00edculos, como DOI y n\u00fameros <em>arXiv<\/em>;<\/li>\n<li>Identificadores de autor como ORCIDs;<\/li>\n<li>Identificadores de instituciones (por ejemplo, <em>Ringgold<\/em>, ISNI); y<\/li>\n<li>Identificadores del financiador.<\/li>\n<\/ul>\n<p><strong>Los metadatos a nivel de art\u00edculo<\/strong> para la cita del art\u00edculo y el cr\u00e9dito para los autores pueden incluir:<\/p>\n<ul>\n<li>T\u00edtulo del art\u00edculo (con idiomas alternativos si se desea);<\/li>\n<li>Identificadores de art\u00edculos (DOI, identificadores de editor, etc.);<\/li>\n<li>Derechos de autor y permisos;<\/li>\n<li>Res\u00famenes m\u00faltiples (para capturar res\u00famenes seccionales, res\u00famenes gr\u00e1ficos, res\u00famenes estereoqu\u00edmicos, res\u00famenes de longitud de <em>Twitter<\/em>, res\u00famenes de RSS\/<em>Atom<\/em> y res\u00famenes de p\u00e1rrafos ordinarios);<\/li>\n<li>Encontrar ayudas tales como palabras clave, t\u00e9rminos y clasificaciones de temas (que pueden darse en m\u00faltiples idiomas y vincularse a ontolog\u00edas\/taxonom\u00edas); y<\/li>\n<li>Descripciones detalladas de la financiaci\u00f3n detr\u00e1s de la investigaci\u00f3n sobre la cual se informa el art\u00edculo, que incluye:\n<ul>\n<li>Fondos tanto monetarios como no monetarios;<\/li>\n<li>Identificadores de becas y donaciones;<\/li>\n<li>Fuentes de financiaci\u00f3n y directores;<\/li>\n<li>Enlaces a art\u00edculos o recursos complementarios (versiones en diferentes idiomas, erratas, actualizaciones, libros relacionados o p\u00e1ginas <em>web<\/em>).<\/li>\n<\/ul>\n<\/li>\n<\/ul>\n<p><strong>Los<\/strong> <strong>colaboradores<\/strong> de la redacci\u00f3n y la investigaci\u00f3n detr\u00e1s de un art\u00edculo no son los \u00fanicos autores y editores que se citan normalmente para los art\u00edculos hoy en d\u00eda. Los colaboradores tambi\u00e9n pueden ser fot\u00f3grafos, dise\u00f1adores de estudios, curadores, secuenciadores del genoma, recolectores de muestras, artistas de visualizaci\u00f3n y otros roles mencionados. El material que JATS puede registrar con respecto a un colaborador puede incluir:<\/p>\n<ul>\n<li>Identificadores externos \u00fanicos;<\/li>\n<li>La capacidad de registrar iniciales y nombres completos;<\/li>\n<li>La capacidad de tener solo un nombre de pila, sin un apellido, como es la costumbre en algunos pa\u00edses del sudeste asi\u00e1tico;<\/li>\n<li>Nombres alternativos para una persona (por ejemplo, caracteres japoneses y una versi\u00f3n romanizada);<\/li>\n<li>Descripci\u00f3n del rol o roles desempe\u00f1ados por la persona (posiblemente vinculado a los t\u00e9rminos de la taxonom\u00eda de CRediT);<\/li>\n<li>M\u00faltiples afiliaciones (con nombres alternativos para m\u00faltiples idiomas).<\/li>\n<\/ul>\n<p><strong>Las referencias bibliogr\u00e1ficas detalladas<\/strong> de un art\u00edculo permiten el seguimiento de publicaciones y ayudan a establecer relevancia cient\u00edfica a trav\u00e9s de citas. Los componentes nombrados de una referencia permiten que el <em>software<\/em> verifique las referencias con <em>Crossref<\/em>, <em>figshare<\/em> o otro repositorio DOI para mejorar la precisi\u00f3n de la referencia. JATS puede admitir casi cualquier tipo y estilo de etiquetado de referencia, incluida la cita de datos (con tiempos de acceso). Para citar art\u00edculos de revistas, los elementos espec\u00edficos incluyen nombres de contribuidores, t\u00edtulos de art\u00edculos, t\u00edtulos y n\u00fameros de revistas, n\u00fameros de primera y \u00faltima p\u00e1gina, d\u00eda-mes-a\u00f1o de publicaci\u00f3n, DOI, y m\u00e1s. De manera similar, JATS ha denominado elementos suficientes para citar libros, patentes, documentos de conferencias, est\u00e1ndares y otros trabajos.<\/p>\n<h3>Ventajas de JATS para art\u00edculos de revistas<\/h3>\n<p>\u00bfPor qu\u00e9 podr\u00eda considerar JATS si usted produce art\u00edculos de revistas?<\/p>\n<p><strong>Declarativo<\/strong>: el marcado JATS es estructural o sem\u00e1ntico y declarativo, no de presentaci\u00f3n o comportamiento. Esto hace que los art\u00edculos sean m\u00e1s f\u00e1ciles de procesar y ayuda a garantizar datos de mayor duraci\u00f3n.<\/p>\n<p><strong>Dise\u00f1ado para art\u00edculos<\/strong>: JATS es un modelo XML que se adapta a la forma en que se publican las revistas (y <em>preprints<\/em>) hoy.<\/p>\n<p><strong>El conjunto de etiquetas est\u00e1 documentado<\/strong>: las <em>Extensive Tag Libraries<\/em> con explicaciones y ejemplos para el uso de elementos y atributos est\u00e1n disponibles en l\u00ednea, al igual que muchas recomendaciones de mejores pr\u00e1cticas.<\/p>\n<p><strong>El precio es correcto<\/strong>: los conjuntos de etiquetas (en formato DTD, XSD y RNG), la documentaci\u00f3n de la biblioteca de etiquetas, los ejemplos etiquetados y algunas herramientas para el control de calidad y la producci\u00f3n de salida est\u00e1n disponibles de forma gratuita en:<\/p>\n<ul>\n<li>Biblioteca Nacional de Medicina de los Estados Unidos (NLM) &lt;<a href=\"https:\/\/jats.nlm.nih.gov\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">https:\/\/jats.nlm.nih.gov\/<\/a>&gt; y<\/li>\n<li><em>Github<\/em> (JATS4R, <em>eLife<\/em>, <em>et al<\/em>.)<\/li>\n<\/ul>\n<p><strong>Alta y f\u00e1cilmente personalizable<\/strong>: JATS fue dise\u00f1ada para ser extendida y ampliada muy f\u00e1cilmente. Los mecanismos de extensi\u00f3n incorporados est\u00e1n documentados en las bibliotecas de etiquetas.<\/p>\n<p><strong>No es un est\u00e1ndar est\u00e1tico<\/strong>: JATS cambia a medida que los editores y otros usuarios solicitan nuevas funciones o modificaciones. Sus comentarios pueden enviarse a &lt;<a href=\"http:\/\/www.niso.org\/standards-committees\/jats\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">www.niso.org\/standards-committees\/jats<\/a>&gt;.<\/p>\n<p>En resumen, JATS no es nueva, <em>sexy<\/em> ni emocionante, pero es inmensamente \u00fatil en el mundo de las revistas. En las palabras de Jeff Beck (de <em>PubMed Central<\/em>):<\/p>\n<p style=\"padding-left: 30px;\"><em>\u201cJATS no es m\u00e1s un de los ni\u00f1os genios; es solo lo que haces si tienes art\u00edculos de revistas.\u201d<\/em><\/p>\n<h3>Enlaces externos<\/h3>\n<p>Journal Article Tag Suite &lt;<a href=\"https:\/\/jats.nlm.nih.gov\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">https:\/\/jats.nlm.nih.gov\/<\/a>&gt;<\/p>\n<p>Standardized Markup for Journal Articles: Journal Article Tag Suite (JATS) &lt;<a href=\"https:\/\/www.niso.org\/standards-committees\/jats\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">www.niso.org\/standards-committees\/jats<\/a>&gt;<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<h3>Sobre Deborah Lapeyre<a href=\"http:\/\/blog.scielo.org\/es\/wp-content\/uploads\/sites\/3\/2018\/10\/DeborahLapeyere_carousel.jpg\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"alignright wp-image-3065 size-thumbnail\" src=\"http:\/\/blog.scielo.org\/es\/wp-content\/uploads\/sites\/3\/2018\/10\/DeborahLapeyere_carousel-150x150.jpg\" alt=\"\" width=\"150\" height=\"150\" srcset=\"https:\/\/blog.scielo.org\/es\/wp-content\/uploads\/sites\/3\/2018\/10\/DeborahLapeyere_carousel-150x150.jpg 150w, https:\/\/blog.scielo.org\/es\/wp-content\/uploads\/sites\/3\/2018\/10\/DeborahLapeyere_carousel.jpg 300w\" sizes=\"auto, (max-width: 150px) 100vw, 150px\" \/><\/a><\/h3>\n<p><span class=\"il\">Deborah<\/span>\u00a0Lapeyre (junto con Tommie Usdin) se desempe\u00f1a como secretaria y arquitecta principal de JATS (ANSI NISO Z39.96-2015 <em>Journal Article Tag Suite<\/em>), as\u00ed como para dos conjuntos de etiquetas basados en JATS: BITS (<em>Book Interchange Tag Suite<\/em>) y NISO STS (<em>American National Standard<\/em>, STS: <em>Standards Tag Suite<\/em>, ANSI\/NISO Z39.102-2017). La Sra. Lapeyre form\u00f3 parte del equipo inicial de dise\u00f1o de JATS y fue la desarrolladora principal que cre\u00f3 JATS a partir de una DTD de NLM m\u00e1s antigua y el an\u00e1lisis de m\u00e1s de 45 conjuntos de <em>tags<\/em> espec\u00edficas para editores. Actualmente trabaja como Consultora Senior de XML para <em>Mulberry Technologies, Inc<\/em>., una firma de consultor\u00eda especializada en ayudar a sus clientes hacia una mejor publicaci\u00f3n a trav\u00e9s de las soluciones XML, XSLT y <em>Schematron<\/em>. Es profesora y experta en dise\u00f1o de vocabulario XML con DTD y desarrollo de esquemas. Ha estado desarrollando sistemas que manipulan documentos etiquetados desde 1980, trabajando con SGML desde antes de que se convirtiera en un est\u00e1ndar internacional, y con XML y XSLT desde su inicio.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>Basado en una <a href=\"https:\/\/youtu.be\/Ylj_KTLKMZA\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">presentaci\u00f3n<\/a> dada en la Semana SciELO 20 A\u00f1os en septiembre de 2018.<\/p>\n<p>Traducido del original en\u00a0<a href=\"https:\/\/www.xml.com\/articles\/2018\/10\/12\/introduction-jats\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">ingl\u00e9s<\/a>\u00a0por Ernesto Spinak.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Deborah A. 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