{"id":2427,"date":"2017-08-02T19:13:41","date_gmt":"2017-08-02T22:13:41","guid":{"rendered":"http:\/\/blog.scielo.org\/es\/?p=2427"},"modified":"2019-05-02T15:59:07","modified_gmt":"2019-05-02T18:59:07","slug":"texture-un-editor-de-manuscritos-abierto-publicado-originalmente-en-elife-en-julio2017","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/blog.scielo.org\/es\/2017\/08\/02\/texture-un-editor-de-manuscritos-abierto-publicado-originalmente-en-elife-en-julio2017\/","title":{"rendered":"Texture \u2013 un editor de manuscritos abierto [Publicado originalmente en eLife en Julio\/2017]"},"content":{"rendered":"

Por Michael Aufreiter, Co fundador y desarrollador, Substance<\/em><\/strong><\/p>\n

Substance invita a la comunidad a usar y contribuir a un nuevo editor de texto XML-primero<\/h3>\n

\"\"<\/a>Texture<\/em> es un software de edici\u00f3n de c\u00f3digo abierto dise\u00f1ado espec\u00edficamente para editar y anotar contenido cient\u00edfico. Texture<\/em> tiene soporte de primera clase para JATS (Journal Article Tag Suite<\/em>), el est\u00e1ndar de facto para el archivo e intercambio de contenidos cient\u00edficos de acceso abierto con XML.<\/p>\n

En este post voy a explicar la motivaci\u00f3n y misi\u00f3n detr\u00e1s de Texture<\/em>. Voy a cubrir el estado actual de desarrollo, y una perspectiva de lo que estaremos trabajando a continuaci\u00f3n y c\u00f3mo usted puede participar.<\/p>\n

Publicar un art\u00edculo cient\u00edfico lleva demasiado tiempo y cuesta demasiado<\/h3>\n

Hoy en d\u00eda los autores pueden elegir escribir su manuscrito en un procesador de texto tradicional (como Microsoft Word) o usar un lenguaje de marcas compilado (como LaTeX). El primero es f\u00e1cil de usar pero s\u00f3lo ofrece contenido no estructurado preparado para imprimir, el segundo proporciona m\u00e1s estructura pero requiere al usuario trabajar con un editor de texto sin formato y aprender un lenguaje de marcado. En cualquier caso, los editores deben convertir el formato de env\u00edo en JATS-XML, antes de que pueda ser publicado y archivado. Este paso requiere una cantidad significativa de trabajo manual, por lo general realizado por empresas tipogr\u00e1ficas y usando herramientas comerciales propietarias. Debido a esto, no s\u00f3lo los trabajos llevan a menudo muchos meses desde la presentaci\u00f3n a la publicaci\u00f3n, el proceso tambi\u00e9n es extremadamente caro. Esperamos que las herramientas abiertas que simplifican el flujo de trabajo de publicaci\u00f3n permitir\u00e1n a los editores concentrarse en ofrecer un servicio de revisi\u00f3n de alta calidad a la comunidad de investigadores.<\/p>\n

Nuestra gran visi\u00f3n para Texture<\/em> es proporcionar una herramienta gratuita de alta calidad para que los autores escriban art\u00edculos que puedan ser o bien autopublicados (para compartir r\u00e1pidamente los resultados) o enviados a un editor como un archivo estructurado JATS-SML, permitiendo un proceso de producci\u00f3n m\u00e1s r\u00e1pido y eficiente en costo. Adem\u00e1s, en el futuro queremos proporcionar una interfaz de edici\u00f3n extendida que tambi\u00e9n permita crear documentos ejecutables y completamente reproducibles.<\/p>\n

Eliminando la composici\u00f3n tipogr\u00e1fica<\/h3>\n

Antes de poner Texture<\/em> en manos de los autores, estamos trabajando para eliminar la necesidad de la tipograf\u00eda manual de los editores. Texture<\/em> permite a los usuarios convertir el contenido en bruto en contenido estructurado, y agregar informaci\u00f3n sem\u00e1ntica para satisfacer los requisitos del editor. El objetivo principal de Texture<\/em> es eliminar el requisito sobre experiencia en XML para proporcionar una soluci\u00f3n para que los editores env\u00eden a producci\u00f3n los art\u00edculos aceptados de manera m\u00e1s eficiente.<\/p>\n

Texture<\/em> lee y produce archivos JATS v\u00e1lidos. Esto permite que el editor trabaje de manera m\u00e1s transparente en los flujos de trabajos de publicaci\u00f3n existentes. Por ejemplo, Texture<\/em> puede tomar la salida de un convertidor de Word a JATS y mejorar el contenido hasta que est\u00e1 listo para ser publicado, integr\u00e1ndose en las cadenas de trabajo actuales. Texture<\/em> produce JATS-XML normalizado de acuerdo a las reglas estrictas y pr\u00e1cticas recomendadas para el marcado. Por ejemplo Texture<\/em> puede abrir un rango amplio de variantes (ejemplo: las directrices de etiquetado de SciELO) pero producir una etiquetado m\u00e1s estricto y consistente (JATS4R). Con este enfoque, los usuarios de Texture<\/em> pueden ordenar sus documentos, logrando un marcado extremadamente consistente, lo que ser\u00eda dif\u00edcil de lograr en un escenario de composici\u00f3n manual.<\/p>\n

Con Texture<\/em>, proponemos un proceso de refinaci\u00f3n iterativo<\/strong>. A partir de la mejor salida disponible de un proceso de conversi\u00f3n automatizado, <\/strong>se toman diferentes pasos para convertir el art\u00edculo en un art\u00edculo estructurado, sem\u00e1nticamente etiquetado, aumentado con metadatos.<\/p>\n

Estado de desarrollo<\/h3>\n

El desarrollo inicial de Texture<\/em> comenz\u00f3 en 2014 como parte del proyecto Substance<\/em>. Un primer prototipo funcional de editor cient\u00edfico fue liberado en 2014 como Lens Writer. En junio de 2016 fue liberado Texture Alpha<\/em> (financiado por PKP – Public Knowledge Project<\/em>), agregando una conversi\u00f3n libre de JATS. En octubre de 2016 fue publicado Texture Alpha 2<\/em> (financiado por \u00c9rudit<\/em>), que proporcion\u00f3 un prototipo estabilizado.<\/p>\n

Hoy estamos estamos lanzando Texture Alpha 3<\/em>, un paso importante hacia una soluci\u00f3n completa para editar art\u00edculos JATS. Quisi\u00e9ramos agradecer a SciELO y PKP por el financiamiento de esta \u00faltima ronda de desarrollo. La nueva versi\u00f3n es ahora capaz de editar citas estructuradas, autores, afiliaciones as\u00ed como otros metadatos espec\u00edficos de la revista.<\/p>\n

\"\"<\/a><\/p>\n

Interfaz de usuario de Texture<\/em> mostrando el editor de manuscrito (izquierda) y editor de referencia (derecha).<\/strong><\/p>\n

Tambi\u00e9n implementamos la numeraci\u00f3n autom\u00e1tica de etiquetas para referencias y figuras. Adem\u00e1s, existe un nuevo y potente cuadro de di\u00e1logo \u201cBuscar y reemplazar\u201d y una mejor \u2018copiar y pegar\u2019 entre aplicaciones (por ejemplo, desde y hacia Microsoft Word y Google Docs).<\/p>\n

Pruebe nuestra demostraci\u00f3n en l\u00ednea de Texture<\/em> y descubra m\u00e1s sobre c\u00f3mo funciona Texture<\/em>. Para obtener una descripci\u00f3n detallada del estado del desarrollo, por favor consulte el archivo README del proyecto en Github.<\/p>\n

\u00bfPor qu\u00e9 elegir Texture<\/em>?<\/h3>\n

Hay una cantidad de editores cient\u00edficos disponibles. Algunos de ellos est\u00e1n basados en el web (FidusWriter<\/em>, Overleaf<\/em>, Authorea<\/em>), pero tambi\u00e9n hay aplicaciones de escritorio nativas (Manuscripts.app<\/em>). Texture<\/em> es diferente a las otras soluciones porque est\u00e1 basada sobre JATS, un est\u00e1ndar de facto ya establecido. Estamos dedicados a apoyar JATS a largo plazo y ayudar a mejorar el est\u00e1ndar contribuyendo a la comunidad JATS4R.<\/p>\n

Tambi\u00e9n queremos invitar a otros desarrolladores de editores a considerar la construcci\u00f3n sobre nuestra tecnolog\u00eda de fuente abierta. Trabajemos juntos en una base confiable y compatible con los est\u00e1ndares para sistemas de publicaci\u00f3n basados en la web, en vez de competir por la mejor herramienta que lo resuelva todo. \u00bfQu\u00e9 pasar\u00eda si todos los campos cient\u00edficos pudieran acordar en un formato com\u00fan de intercambio para art\u00edculos publicados? Entonces podr\u00edamos comenzar a crear herramientas especializadas espec\u00edficas del dominio mientras que seguir\u00edan siendo completamente interoperables. Podr\u00edamos incluso fomentar el intercambio interdisciplinario de conocimiento, datos y m\u00e9todos, lo cual no es posible en este momento.<\/p>\n

Sesi\u00f3n de dise\u00f1o colaborativo de Texture<\/em> en la Reuni\u00f3n del <\/strong>Substance Consortium<\/b><\/em><\/strong><\/span> (<\/strong>julio 26 y 27, 2016 en Montreal)<\/strong><\/p>\n

Un vistazo al futuro de Texture<\/em><\/h3>\n

Nuestro siguiente paso es realizar pruebas de usuarios con los editores. SciELO, PKP y \u00c9rudit<\/em> comenzar\u00e1n con esto durante el verano. Junto con ellos, vamos a recolectar los problemas y las caracter\u00edsticas que faltan y trabajar en un mapa de ruta para convertir Texture<\/em> en un producto viable y ayudar a los adoptadores a establecer los detalles espec\u00edficos de su revista. Esperamos que Texture<\/em> sea estable y listo para producci\u00f3n dentro de los pr\u00f3ximos 12 meses.<\/p>\n

Mientras que a corto plazo Texture<\/em> se enfocar\u00e1 en los casos de uso de los editores, estaremos explorando casos futuros de uso para Texture<\/em> como una interfaz de creaci\u00f3n. Por ejemplo, la revisi\u00f3n por pares podr\u00eda hacerse enteramente en Texture<\/em>, incluyendo la comunicaci\u00f3n entre pares (revisores, autores, editores) que actualmente est\u00e1 fragmentada sobre diferentes canales tales como correo electr\u00f3nico o mensajer\u00eda. El objetivo final es usar Texture<\/em> como un componente integral en los sistemas modernos y personalizados de edici\u00f3n punto a punto, donde los documentos se encuentran en el centro (fuente \u00fanica) y es editado por todas las partes involucradas (autor, editor, revisor) de manera colaborativa.<\/p>\n

Queremos ir m\u00e1s lejos y a\u00f1adir elementos reproducibles a los documentos JATS. Estamos trabajando junto con Stencila<\/em> para extender Texture<\/em> para permitir que la narrativa textual y el c\u00f3digo ejecutable coexistan en un solo documento.<\/p>\n

Junto con otros proyectos queremos establecer un conjunto completo de herramientas de c\u00f3digo abierto para cubrir todas las etapas de la publicaci\u00f3n cient\u00edfica. Por ejemplo un documento reproducible podr\u00eda estar escrito en Stencila<\/em> y enviado a un editor como archivo JATS-XML. A continuaci\u00f3n estar\u00e1 disponible para su lectura en el sitio web del editor, pero tambi\u00e9n podr\u00eda consumirse en herramientas modernas de lectura tales como eLife Lens<\/em> o ScienceFair<\/em>.<\/p>\n

Hacia una directiva universal de etiquetado para JATS<\/h3>\n

Nos damos cuenta de que un cambio en la publicaci\u00f3n cient\u00edfica requiere un amplio consenso. Con el desarrollo de Texture<\/em> estamos invitando a organizaciones interesadas en usar Texture<\/em> a participar en la definici\u00f3n de una gu\u00eda estricta para etiquetar contenido con JATS. Todav\u00eda no hay un consenso sobre el esquema JATS a utilizar: hay diversas variantes en uso por diferentes revistas. Esto significa que algunos elementos pueden ser etiquetados de manera diferente. Por ejemplo, hay muchas maneras de etiquetar una afiliaci\u00f3n. Si se pudiera llegar a un consenso sobre un solo esquema, el contenido ser\u00eda interoperable, f\u00e1cil de consultar, y en Texture<\/em> podr\u00edamos tener una sola v\u00eda de implementaci\u00f3n e interfaz de usuario (por ejemplo para editar una afiliaci\u00f3n).<\/p>\n

En junio tuvimos una reuni\u00f3n muy agradable y productiva en eLife<\/em> con miembros de la comunidad JATS4R. Melissa Harrison de eLife<\/em>, Paul Donohoe de Springer Nature<\/em>, Mike Eden de Cambridge University Press<\/em> y Sean Harrop de BMJ estaban en la mesa. Estuvimos de acuerdo en que las comunidades Texture<\/em> y JATS4R trabajar\u00e1n juntas para proporcionar una gu\u00eda universal y expresiva para JATS que ser\u00e1 promovida como JATS4R. Como consecuencia Texture<\/em> proporcionar\u00e1 el soporte completo para todo contenido conforme a JATS4R.<\/p>\n

Para participar en el desarrollo de este consenso, comun\u00edquese con nosotros en info@substance.io<\/a>.<\/p>\n

Ay\u00fadenos a hacer Texture el editor que necesita<\/h3>\n

Texture es desarrollado por Substance Consortium<\/em>, que fue establecido por el Public Knowledge Project<\/em> (PKP), el Collaborative Knowledge Foundation<\/em> (CoKo), la Scientific Electronic Library Online<\/em> (SciELO), \u00c9rudit<\/em>, y Substance<\/em>. En julio de 2017, eLife<\/em> se uni\u00f3 al consorcio para apoyar el desarrollo colaborativo de nuevas herramientas para ayudar a los editores de acceso abierto.<\/p>\n

El desarrollo de Texture<\/em> ser\u00e1 priorizado para satisfacer las necesidades de los miembros del consorcio y de la m\u00e1s amplia comunidad de editores acad\u00e9micos, con claras v\u00edas para el aporte y la discusi\u00f3n de la comunidad.<\/p>\n

Si est\u00e1 interesado en usar Texture<\/em> y apoyar nuestro trabajo, lo invitamos a unirse a nosotros. Cuanto m\u00e1s grande sea nuestra comunidad, m\u00e1s r\u00e1pido seremos capaces de lograr nuestro objetivo de hacer la publicaci\u00f3n cient\u00edfica m\u00e1s eficiente, transparente y abierta.<\/p>\n

Puede enviarnos un correo electr\u00f3nico directamente a info@substance.io<\/a>. Damos la bienvenida a los comentarios a trav\u00e9s de nuestra lista de correo. Por favor \u00fanase a esta lista<\/a> para estar informado de las actividades del consorcio.<\/p>\n

El c\u00f3digo fuente de Texture<\/em> est\u00e1 licenciado bajo la licencia MIT y disponible en http:\/\/github.com\/substance\/texture<\/a>.<\/p>\n

Para obtener lo \u00faltimo en innovaci\u00f3n, eLife Labs<\/em> y las nuevas herramienbtos de c\u00f3digo abierto, inscr\u00edbase en nuestro bolet\u00edn de innovaci\u00f3n y tecnolog\u00eda<\/a>. Tambi\u00e9n puede seguirnos en @eLifeInnovation<\/a> on Twitter.<\/p>\n

Referencias<\/h3>\n

AUFREITER, M. Produce a scientific paper with Lens Writer [online]. Substance. 2015 [viewed 25 July 2017]. Available from: http:\/\/medium.com\/@_mql\/produce-a-scientific-paper-with-lens-writer-d0fc75d11919<\/a><\/p>\n

eLife joins Substance Consortium to support development of open-source online content-editing tools [online]. eLife. 2017 [viewed 25 July 2017]. Available from: http:\/\/elifesciences.org\/for-the-press\/f87f62a7\/elife-joins-substance-consortium-to-support-development-of-open-source-online-content-editing-tools<\/a><\/p>\n

Innovation: Collaborating to devise the future executable article [online]. eLife. 2017 [viewed 25 July 2017]. Available from: http:\/\/elifesciences.org\/inside-elife\/c8ca56de\/innovation-collaborating-to-devise-the-future-executable-article<\/a><\/p>\n

Introducing Texture: An Open Source WYSIWYG Javascript Editor for JATS [online]. National Center for Biotechnology Information (NCBI) [viewed 25 July 2017]. Available from: http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/books\/NBK425544\/<\/a><\/p>\n

Seeing through the eLife Lens: A new way to view research [online]. eLife. 2017 [viewed 25 July 2017]. Available from: http:\/\/elifesciences.org\/inside-elife\/0414db99\/seeing-through-the-elife-lens-a-new-way-to-view-research<\/a><\/p>\n

Enlaces externos<\/h3>\n

Demostraci\u00f3n en l\u00ednea del\u00a0Texture – <http:\/\/cdn.substance.io\/texture-alpha-3\/<\/a>><\/p>\n

JATS4R – <http:\/\/jats4r.org\/<\/a>><\/p>\n

Journal Article Tag Suite (JATS) – <http:\/\/jats.nlm.nih.gov\/<\/a>><\/p>\n

Projeto Substance – <http:\/\/substance.io\/<\/a>><\/p>\n

Public Knowledge Project – <http:\/\/pkp.sfu.ca\/<\/a>><\/p>\n

README del projeto – <http:\/\/github.com\/substance\/texture#roadmap<\/a>><\/p>\n

SciELO – <http:\/\/www.scielo.org\/php\/index.php<\/a>><\/p>\n

ScienceFair – <http:\/\/sciencefair-app.com\/<\/a>><\/p>\n

Stencila – <http:\/\/stenci.la\/<\/a>><\/p>\n

Texture – <http:\/\/substance.io\/texture<\/a>><\/p>\n

Texture Alpha – <http:\/\/github.com\/substance\/texture\/releases\/tag\/v1.0.0-alpha<\/a>><\/p>\n

Texture Alpha 2 – <http:\/\/github.com\/substance\/texture\/releases\/tag\/v1.0.0-alpha.2<\/a>><\/p>\n

Texture Alpha 3 – <http:\/\/substance.io\/texture<\/a>><\/p>\n

Art\u00edculo original en ingl\u00e9s<\/h3>\n

http:\/\/elifesciences.org\/labs\/8de87c33\/texture-an-open-science-manuscript-editor<\/a><\/p>\n

 <\/p>\n

Traducido del original en\u00a0ingl\u00e9s<\/a>\u00a0por Ernesto Spinak.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

El proyecto Substance<\/i> lanz\u00f3 en 24 de julio de 2017 la versi\u00f3n Alpha 3<\/i> del editor Texture<\/i> que lee y produce archivos XML de acuerdo con la norma Journal Article Tag Suite<\/i> (JATS), utilizada pelo SciELO para la estructuraci\u00f3n de los textos cient\u00edficos. Tratase de un paso importante hacia una soluci\u00f3n completa para editar art\u00edculos JATS e su aplicaci\u00f3n en flujos de trabajo de publicaci\u00f3n. …<\/span> Read More →<\/span><\/a><\/span><\/p>\n","protected":false},"author":5,"featured_media":2431,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"om_disable_all_campaigns":false,"_monsterinsights_skip_tracking":false,"_monsterinsights_sitenote_active":false,"_monsterinsights_sitenote_note":"","_monsterinsights_sitenote_category":0,"footnotes":"","_links_to":"","_links_to_target":""},"categories":[46,2],"tags":[18,7,47,44,51,8],"class_list":["post-2427","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-metodologia","category-noticias","tag-acceso-abierto","tag-comunicacion-cientifica","tag-difusion-de-la-informacion","tag-preservacion-digital","tag-profesionalizacion-editorial","tag-programa-scielo"],"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/blog.scielo.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2427","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/blog.scielo.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/blog.scielo.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/blog.scielo.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/users\/5"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/blog.scielo.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=2427"}],"version-history":[{"count":3,"href":"https:\/\/blog.scielo.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2427\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":3339,"href":"https:\/\/blog.scielo.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/2427\/revisions\/3339"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/blog.scielo.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media\/2431"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/blog.scielo.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=2427"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/blog.scielo.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=2427"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/blog.scielo.org\/es\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=2427"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}

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