¿Por qué es importante apoyar la infraestructura abierta para publicar preprints?

Por Lilian Nassi-Calò

Imagen: Astrid Schaffner.

Los lectores de este blog están importantes recomendaciones que apuntan a hacer viable, robusto y confiable un sistema de infraestructura abierta de servicios para preprints familiarizados con los preprints: artículos científicos completos depositados en servidores o repositorios de acceso abierto antes de la revisión por pares y, por esta razón, permiten un acceso rápido a los resultados de la investigación. Los manuscritos, sin embargo, se someten al escrutinio de un editor en el campo para verificar que el contenido sea de carácter científico y que no se trate de plagio. Los preprints pueden enviarse simultáneamente o más tarde para su publicación en revistas, cuando se envían para revisión por pares. Además, su carácter de vehículo de publicación independiente de la editorial aumenta su relevancia en la comunicación científica.

Después de unos seis años desde que se publicó el primer post sobre preprints en este blog¹, muchas de las dudas y preguntas sobre esta forma de publicar resultados de investigación han sido abordadas y discutidas ampliamente en foros, eventos, congresos y reuniones científicas, muchas de ellas organizados por el Programa SciELO. El uso de preprints durante la pandemia para transmitir resultados de investigaciones sobre el virus SARS-CoV-2 y covid-19 permitió el rápido intercambio de conocimientos y el desarrollo de vacunas y terapias con una rapidez antes inimaginable. En una demostración de la capacidad de autocorrección de la ciencia, cabe señalar que los preprints sobre covid-19 con contenido científico dudoso fueron notados rápidamente por la comunidad científica y eliminados de los servidores, de la misma manera que los artículos científicos en los que se descubren errores graves, son retractados.

Más recientemente, en 2021, el ASAPbio lanzó la iniciativa Publish Your Reviews con el apoyo de SciELO Preprints, para fomentar la revisión por pares (post-publicación) de los preprints y así brindar a los lectores contexto adicional sobre los preprints, como fortalezas, debilidades y preguntas abiertas. Las opiniones, que pueden ser de naturaleza colaborativa, también se pueden reutilizar cuando el preprint se envía a una revista. Las iniciativas de esta naturaleza buscan aumentar la credibilidad de los preprints a través de la revisión por pares posterior a la publicación.

La importancia de los preprints en la comunicación científica en el escenario pospandemia es cada vez mayor, así como su credibilidad y uso en todas las disciplinas. Muchos consideran que el hecho de que no haya costo de publicación al publicar preprints, a diferencia de las tasas de procesamiento de artículos al publicar artículos en revistas de acceso abierto, significa que de alguna manera el problema está resuelto. Sin embargo, la sostenibilidad financiera del ecosistema de preprints, sin embargo, no es estable y la mayoría de ellos no se basan en infraestructura abierta.

La iniciativa Invest in Open Infrastructure (IOI) ha publicado The Case For Supporting Open Infrastructure for Preprints: A Preliminary Investigation², en el que presenta y analiza el estado de la infraestructura actual para preprints desde un punto de vista técnico, financiero y de inclusión en el ámbito académico. servicios de indexación.

Según IOI, la “infraestructura abierta para preprints” es más un sistema sociotecnológico que un producto tecnológico e incluye los componentes: (1) Servidores para albergar preprints; (2) Servicios y herramientas que le permiten publicar, ubicar y usar (compartir, comentar, revisar, citar y modificar) preprints; y (3) Servicios sociopolíticos (formación, información, políticas y promoción de buenas prácticas). Como condición mínima, la infraestructura abierta es aquella operada por organizaciones sin fines de lucro y administrada por la comunidad académica. Por lo tanto, esta definición excluye los servidores de preprints operados por los editores para el contenido enviado a sus revistas, incluso si utilizan software de código abierto. Idealmente, los preprints deberían tener una licencia abierta para reutilización y no solo acceso de lectura; sin embargo, esta es una elección del autor y no una imposición del servidor de preprints.

El informe del IOI buscó identificar, a través de la investigación en la literatura académica, blogs y documentos de instituciones académicas, además de documentos compartidos por expertos, información sobre: iniciativas o servicios cuyo trabajo es digno de destacar a financiadores; indicaciones sobre qué ayuda a los servicios o iniciativas a tener éxito en agregar valor a los preprints; brechas críticas, cuellos de botella o dependencias que deben abordarse y con qué urgencia; y lagunas en el conocimiento que deben abordarse mediante investigación adicional.

Los temas más relevantes suscitados en la búsqueda bibliográfica permitieron la elaboración de una lista de entrevistados y la guía de discusión. En esta etapa, el objetivo fue obtener información sobre: el valor de los preprints y la infraestructura abierta, según sus experiencias; la misión, avances y desafíos relacionados con la iniciativa en la que están involucrados; sus puntos de vista sobre los éxitos y las debilidades en el ecosistema general de los servicios de preprints; y cómo priorizarían la inversión para apoyar la infraestructura abierta para preprints.

La importancia de los preprints para la ciencia y el conocimiento

Obtener información sobre el valor de los preprints, a través de la investigación bibliográfica y las entrevistas realizadas, permite contextualizar cómo el apoyo a la infraestructura abierta para preprints puede traer beneficios y para quién.

Los preprints alojados en servidores con infraestructuras abiertas constituyen una forma innovadora de compartir conocimiento fuera de los límites establecidos por las editoriales, de forma rápida y compatible con el posterior envío y publicación en una revista arbitrada. Alrededor del 70% de los preprints en bioRxiv se publican en revistas dentro de los dos años posteriores a la fecha de publicación en el servidor. Otra motivación importante es permitir que los autores compartan y reciban reconocimiento por sus contribuciones a la ciencia de manera abierta, especialmente dadas las tasas de publicación de las revistas de acceso abierto, prohibitivas para muchos.

Otra barrera que la infraestructura abierta ayuda a romper es la de publicar manuscritos en idiomas distintos al inglés. Los datos de 2020 muestran que dos tercios de los servidores de preprints en ciencias de la vida y medicina solicitan textos en inglés, o al menos una versión en inglés para publicar textos en otros idiomas. Sin embargo, los preprints alojados por Open Preprints Systems (del Public Knowledge Project, PKP) no necesariamente tienen que estar en inglés y el PKP fomenta el intercambio de preprints en varios idiomas a través de su repositorio.

La revisión por pares posterior a la publicación de preprints es una de las herramientas disponibles en muchos servidores que se considera de gran valor e importancia para validar y aumentar la confiabilidad de los manuscritos. A pesar de las críticas y limitaciones de la revisión por pares (no solo de los preprints), muchos consideran que los preprints son el espacio ideal para probar nuevos enfoques de evaluación. La iniciativa Transparent Review in Preprints adoptada por bioRxiv y medRxiv permite el acceso a las revisiones, y el mencionado Publish Your Reviews diseñado por ASAPbio, que incluye revisiones colaborativas. La revista eLife, en 2021, comenzó a aceptar presentaciones solo como preprints publicados en bioRxiv o medRxiv y realiza una revisión por pares de manera abierta, publicando las opiniones en los servidores, junto con los preprints.

Varias otras iniciativas similares han comenzado a partir de repositorios de preprints académicos o comerciales, y la mayoría se encuentran en una etapa temprana de implementación, y la adopción está aumentando lentamente. El cofundador de bioRxiv, John Inglis, en un seminario web de 2020, informó que el 38% de los preprints en bioRxiv y el 23% en medRxiv reciben al menos un comentario, valores relativamente altos considerando que los preprints, en general, no atraen muchos comentarios de los lectores o reseñas compartidas directamente en servidores de preprint.

Sin embargo, el autor del informe considera que la evaluación abierta de preprints tiene un gran valor intrínseco, y el IOI apoya la inversión continua en los esfuerzos para fomentar la revisión por pares de los preprints.

La necesidad de difundir rápidamente los resultados de la investigación en respuesta a la pandemia de COVID-19 ha catalizado el uso de preprints en las ciencias biomédicas en los años 2020-2021, especialmente a través de medRxiv, SSRN (el repositorio de preprints de The Lancet) y Research Square (el repositorio de preprints del The Nature Publishing Group). La pandemia popularizó los preprints, que se reportaban en canales de noticias y redes sociales -siempre con la salvedad de que se trataba de resultados que aún no habían sido verificados por expertos-. Sin embargo, su amplia distribución y mención en entrevistas de profesionales de la salud y tomadores de decisiones indican un aumento en la confiabilidad de los preprints como fuente de evidencia.

Los puntos fuertes del estado actual de los preprints destacados por el informe del IOI incluyen:

1. arXiv, bioRxiv y medRxiv tienen un fuerte reconocimiento de marca y contribuyen a la adopción general de preprints por parte de la comunidad científica, por lo que le conviene protegerlos. De manera similar, la autoridad del Programa SciELO habilitó a SciELO Preprints como un servidor reconocido internacionalmente.

Además de incentivar el depósito de preprints por parte de los investigadores, es necesario garantizar su conservación y acceso a largo plazo, tal como se hace con los archivos de las revistas.

Otro aspecto importante que deben tener en cuenta todos los repositorios de preprints es lograr un equilibrio entre el beneficio de proporcionar un intercambio rápido de resultados de búsqueda con la responsabilidad de proteger su reputación al garantizar que el contenido sea relevante y creíble para la audiencia prevista sin someterse a una revisión formal por pares. Esta responsabilidad implica involucrar tanto como sea posible a los miembros de la comunidad científica en los procesos de selección y moderación.

2. Alrededor del 50% de los servidores de preprint disponibles están alojados en infraestructuras abiertas (según la definición de IOI), lo que permite compartir información, como datos de revisión por pares entre servidores y plataformas de indexación de preprint.

3. La inclusión de preprints como un resultado de investigación válido en la misma infraestructura que respalda los artículos de revistas es particularmente importante para permitir que los investigadores utilicen preprints como parte de su flujo de trabajo normal. Crossref, por ejemplo, sirve como infraestructura esencial y ha sido ampliamente reconocido por incluir preprints como una forma de trabajar en metadatos académicos y, más recientemente, por respaldar los metadatos de evaluación de preprints. Google Scholar, ORCID y EuropePMC también fueron reconocidos por indexar preprints en sus servicios (el repositorio SciELO Preprints fue indexado recientemente en EuropePMC).

4. Existe una red establecida de personas y organizaciones que trabajan para lograr una infraestructura abierta para los preprints, desde agencias de financiación y formuladores de políticas, proveedores de infraestructura, hasta líderes de iniciativas e investigadores individuales.

A pesar de los avances, quedan desafíos considerables para fortalecer el ecosistema de infraestructura abierta para preprints, que incluyen:

1. El ecosistema de preprints aún no es financieramente sostenible. Falta un modelo de negocio sostenible para los servicios abiertos de preprints a largo plazo y a escala. En este momento, muchos servicios están probando modelos de sostenibilidad, pero no se sabe si seguirán siendo viables si aumenta la adopción por parte de los usuarios. Muchos servidores dependen de subvenciones para investigación y operan con un mínimo de personal, y otros cuentan con el apoyo de organizaciones filantrópicas. Ninguna de estas situaciones es sostenible a medio o largo plazo. La mayoría de los financiadores de infraestructuras de preprints se encuentran en América del Norte y Europa. Sin embargo, el valor potencial de la infraestructura abierta para preprints es una infraestructura global y social y una participación comunitaria más diversa será fundamental para lograr la sostenibilidad deseada de todo el ecosistema de preprints.
2. Los preprints dependen de contribuciones voluntarias (servicios) que no están financiados ni contabilizados en los planes de sostenibilidad. Las contribuciones voluntarias son fundamentales para garantizar el valor de los preprints compartidos a través de servicios abiertos. Estas contribuciones incluyen la selección, evaluación y curaduría de preprints, procesos que respaldan la gestión del exceso de información y validan la investigación de calidad. Además, los voluntarios crean conciencia y demuestran el valor de los preprints a sus pares. Sin embargo, esta red de infraestructura social no está financiada y este trabajo no está incluido en las hojas de informes financieros o modelos comerciales de los servicios de preprints, por lo que no está claro qué tan sostenible es esta importante infraestructura social.
3. La mayoría de los preprints no se comparten a través de una infraestructura abierta. Por ejemplo, los servidores bioRxiv y medRxiv, financiados por Cold Spring Harbor Laboratory, utilizan un sistema propietario con algunos elementos de código abierto y, a pesar de tener una excelente reputación en la comunidad científica, no operan con una infraestructura abierta en términos de tecnología. o gobernanza y transparencia financiera. Otros servidores de preprints se encuentran en esta situación.
4. La visión del preprint como elemento de comunicación científica abierta, sin embargo, no está consolidada y está en riesgo. Como se destacó anteriormente, el valor de los preprints como proveedores de resultados de investigación se establece rápidamente y los temas de discusión incluyen una participación más equitativa y si la evaluación de preprints puede mejorar la confiabilidad y garantizar la calidad. Sin embargo, se ha observado que la adopción de preprints está disminuyendo, especialmente en las ciencias de la vida y la medicina, después de la pandemia de covid-19. El hecho de que las revistas estén adoptando el envío de artículos preferentemente a través de preprints es preocupante, si se pretende seguir considerando los preprints desligados de asociación con las revistas.

Recomendaciones

A la vista de lo que expone este informe, es un hecho que la actual infraestructura abierta que soporta los preprints no es sostenible y es insuficiente para aprovechar todo el potencial de los preprints. Además, existe un riesgo inminente de que los servidores comerciales asociados con revistas o editores dominen el espacio y obstaculicen aún más la viabilidad de los servicios abiertos. Incluso existe la posibilidad de que adquieran servidores de preprints de renombre, como bioRxiv y medRxiv, y los asocien a revistas. Esto limitaría aún más la capacidad de las comunidades académicas para operar con servidores de infraestructura abierta. Las siguientes recomendaciones tienen como objetivo hacer que un sistema de servicios de infraestructura abierta para preprints sea viable, robusto y confiable.

1. Problema: la mayoría de los preprints no se comparten a través de una infraestructura abierta.

Recomendación: Generar conciencia sobre los posibles beneficios y desventajas de utilizar los servicios abiertos existentes para preprints como infraestructura compartida.

El resultado esperado sería que todos los preprints se compartan e interactúen a través de una infraestructura abierta y que esto genere beneficios, incluida la rentabilidad y un ecosistema técnico más propicio para la innovación y la integración.

2. Problema: el ecosistema de preprints no es financieramente sostenible.

Recomendación: Apoyar la investigación y el desarrollo (y las pruebas) de modelos de financiación que podrían funcionar en diferentes escalas de adopción.

El resultado esperado sería que la infraestructura abierta para preprints sea financieramente sostenible mientras la comunidad continúe valorando lo que esta infraestructura permite lograr.

2. Problema: La visión del preprint como elemento de comunicación científica abierta, sin embargo, no está consolidada y está en riesgo.

Recomendación: abogar por una mayor inversión en proyectos e iniciativas que apoyen los preprints para permitir una participación más inclusiva y equitativa.

El resultado esperado sería la adopción continua (y aumentada) de preprints de manera que permitan una participación más inclusiva y equitativa en la ciencia, tanto en la producción como en la reutilización del conocimiento como un bien público.

Mi reflexión

Fueron necesarias décadas de evolución de la comunicación científica hasta que se popularizó un sistema disruptivo como los preprints y hoy contamos con una alternativa que permite la publicación abierta e inmediata de resultados de investigación independiente de las editoriales y desvinculada del prestigio de la revista. La comunidad científica y las agencias financiadoras tienen la oportunidad de consolidar este mecanismo, dotándolo de una infraestructura abierta. Es necesario aprovecharlo cuanto antes.

Si un preprint inspirara el trabajo de al menos otras dos personas, los biólogos verían que el progreso científico ocurre cinco veces más rápido [traducción libre].³

Notas

1. EISEN, M. and VOSSHALL, L.V. Acoplando pre-prints y arbitrajes post publicación para una publicación científica económica, justa y eficaz [Publicado originalmente en el blog “it is not junk” de Michael Eisen] [online]. SciELO en Perspectiva, 2016 [viewed 11 November 2022]. Available from: https://blog.scielo.org/es/2016/02/11/acoplando-pre-prints-y-arbitrajes-post-publicacion-para-una-publicacion-cientifica-economica-justa-y-eficaz-publicado-originalmente-en-el-blog-it-is-not-junk-de-michael-eisen/

2. PENFOLD, N. The Case for Supporting Open Infrastructure for Preprints: A Preliminary Investigation. [online]. Zenodo, 2022. [viewed 11 November 2022]. Available from https://zenodo.org/record/7137126

3. Steve Quake, presidente de la iniciativa Chan Zuckerberg BioHub el 8 de julio de 2017. Citado por John Inglis en un seminario web de 2020.

Referencias

ASAPbio. Apoyo a la revisión pública de preprints a través de revisiones colaborativas: una actualización sobre la revisión de preprints multitudinaria de ASAPbio [online]. SciELO en Perspectiva, 2022 [viewed 11 November 2022]. Available from: https://blog.scielo.org/es/2022/07/29/apoyo-a-la-revision-publica-de-preprints-a-traves-de-revisiones-colaborativas-una-actualizacion-sobre-la-revision-de-preprints-multitudinaria-de-asapbio/

EISEN, M. and VOSSHALL, L.V. Acoplando pre-prints y arbitrajes post publicación para una publicación científica económica, justa y eficaz [Publicado originalmente en el blog “it is not junk” de Michael Eisen] [online]. SciELO en Perspectiva, 2016 [viewed 11 November 2022]. Available from: https://blog.scielo.org/es/2016/02/11/acoplando-pre-prints-y-arbitrajes-post-publicacion-para-una-publicacion-cientifica-economica-justa-y-eficaz-publicado-originalmente-en-el-blog-it-is-not-junk-de-michael-eisen/

PACKER, A.L. Los Preprints optimizan la comunicación de investigaciones. Revista Habanera de Ciencias Médicas [online]. 2022, vol. 20, no. 4, pp. 1-3 [viewed 11 November 2022]. Available from: http://www.revhabanera.sld.cu/index.php/rhab/article/view/4294/2904

PENFOLD, N. The Case for Supporting Open Infrastructure for Preprints: A Preliminary Investigation. [online]. Zenodo, 2022. [viewed 11 November 2022]. Available from https://zenodo.org/record/7137126

Enlaces externos

A Ciência Aberta nas Humanidades: https://eventos.scielo.org/humanidadesca/

Conferencia SciELO 20 Años: https://www.scielo20.org/es/

Open Science Framework Preprints: https://osf.io/preprints/

Reunião Anual SciELO 2020: https://eventos.scielo.org/ixreuniaoscielo/

Reunião Anual SciELO 2021: https://eventos.scielo.org/reuniaoscielo2021/

Sobre Lilian Nassi-Calò

Lilian Nassi-Calò estudió química en el Instituto de Química de la USP, tiene un doctorado en Bioquímica por la misma institución y un pos doctorado como becaria de la Fundación Alexander von Humboldt en Wuerzburg, Alemania. Después de concluir sus estudios, fue docente e investigadora en el IQ-USP. Trabajó en la industria privada como química industrial y actualmente es Coordinadora de Comunicación Científica en BIREME/OPS/OMS y colaboradora de SciELO.

Traducido del original en portugués por Ernesto Spinak.